Родился в с. Шамовка (ныне Дмитровка Знаменского р-на Кировоградской обл., Украина). Окончил Шамовский сельскохозяйственный техникум. В 1938 г. приехал в Краснозёрский район Новосибирской области, где работал агрономом Садовского отделения Запрудихинского совхоза, а затем управляющим отделением. С 1944 г. работал главным агрономом «Хабаровского» совхоза. В марте 1957 г. В. Х. Шкафер был назначен директором Краснозёрского совхоза, несмотря на то, что он сам долго отказывался идти на повышение. В 1961 г. Шкафер вернулся в родной совхоз «Хабаровский», где до самых последних дней жизни руководил агрономической отраслью хозяйства. Скончался 17 декабря 1978 г., похоронен на кладбище с. Половинное Краснозёрского района Новосибирской области.
Новосибирцы – Герои Отечества. С. 631–632; Анкета В. Х. Шкафера (1957). ГАНО. Ф. П-4. Оп. 56. Д. 28970. Л. 2–3об