По инициативе и при непосредственном участии академика В. П. Казначеева было создано Сибирское отделение Российской Академии медицинских наук – СО АМН СССР (впоследствии СО РАМН) и Институт клинической и экспериментальной медицины (ныне – НИИ общей патологии и экологии человека СО РАМН). Основные труды В. П. Казначеева посвящены исследованиям медико-биологических аспектов адаптации человека к природным условиям Сибири и Крайнего Севера, экологии, медикосоциальным проблемам здоровья. Является автором 800 научных работ, в т. ч. 35 монографий, 15 изобретений и открытий.