Современная история органов государственной безопасности в войсках в России началась в июле 1918 г. Сначала это были разрозненно действовавшие органы Военного контроля, созданные Реввоенсоветом республики, а также чрезвычайные комиссии по борьбе с контрреволюцией, образованные СНК РСФСР на Восточном и других фронтах.
19 декабря 1918 г. постановлением Бюро ЦК РКП (б) фронтовые и армейские ЧК были объединены с органами Военного контроля, и на их основе образован новый орган - Особый отдел ВЧК при СНК РСФСР. Этот день традиционно отмечается как профессиональный праздник сотрудников органов военной контрразведки Федеральной службы безопасности России.
В дальнейшем с образованием особых отделов фронтов, военных округов, флотов, армий, флотилий и особых отделов при губернских ЧК была создана единая централизованная система органов безопасности в войсках. С первых же дней особые отделы всегда осуществляли свою деятельность в тесном взаимодействии с военным командованием. Такой подход к организации деятельности военной контрразведки стал в дальнейшем одним из основополагающих принципов их работы.
Тогда же родился и другой принцип деятельности военной контрразведки, значимость которого никогда и никем не подвергалась сомнению: тесная связь с личным составом воинских частей, работниками военных объектов, штабов и учреждений, находящихся в оперативном обеспечении органов безопасности в войсках. Этим принципам строго следуют и в наши дни.