В годы ВОВ – командир 765-го стрелкового полка. В августе 1941 г. в боях в районе г. Ельни (Смоленская обл.) личным примером воодушевлял своих бойцов, будучи раненым, оставался в строю до конца боя. В этом бою полк уничтожил 4 танка противника, 6 самолётов, несколько миномётов. Звание Героя Советского Союза было присвоено 11 сентября 1941 г. В 1947 г. назначен военным комиссаром Новосибирской обл. В 1952 г. уволен в запас. Награждён двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденом Суворова II степени, орденом Отечественной войны I степени, медалями. В Новосибирске на фасаде дома 78 № 26 по улице Депутатской, в котором жил М. С. Батраков, установлена мемориальная доска. Имя героя увековечено на Аллее Героев у Монумента Славы. (Анкета М. С. Батракова (1975). ГАНО. Ф. П-5а. Оп. 4. Д. 15 ; Автобиография М. С. Батракова (1947). ГАНО. Ф. П-4. Оп. 56. Д. 1978. Л. 2 ; Новосибирцы – Герои Отечества. С. 72–73)